신종 코로나19 바이러스가 전 세계적으로 확산되고 세계보건기구 WHO가 펜데믹 선언을 한 현재의 글로벌 위기는 어느 한 명이 아닌 사회 구성원 모두가 함께 힘을 합쳐야 하는 시기입니다.
컬러풀과 엔비디아는 코로나19 바이러스 팬데믹(세계적 대유행)에 대한 대응으로 코로나19(COVID-19)를 연구하기 위해 고군분투하고 있는 전세계 연구진들의 연구 속도를 빠르게 가속화할 수 있는 도구를 무료 공유하기로 했습니다.
신종 코로나바이러스와 싸우고 있는 전세계 연구진들에게 GPU 기반 시퀀싱 분석 소프트웨어인 파라브릭스(Parabricks)를 90일간 무료로 이용할 수 있도록 했는데요, 세계적으로 널리 알려진 게놈 분석 툴킷(Genome Analysis Toolkit)에 기반한 파라브릭스는 GPU를 이용해 시퀀스 데이터 분석을 최대 50배까지 가속화시킵니다.
엔비디아는 신종 코로나바이러스가 지속적으로 진화하고 있다는 점을 감안해, 이 상황을 주시하고 전세계 연구진들에게 도움을 줄 수 있도록 노력할 것입니다. 엔비디아 GPU를 사용하고 있는 분들은 이 양식을 작성해 파라브릭스 이용권을 신청하시기 바랍니다.
옥스포드 나노포어(Oxford Nanopore)의 롱리드(long-read) 데이터를 사용하는 연구원 분들은 GitHub에서 GPU 가속 도구 저장소를 이용하시기 바랍니다. 그 외에도 엔비디아 GPU 가속 기능이 내장된 메다카(Medaka), 레이콘(Racon), 레이븐(Raven), 레티큘라투스(Reticulatus), 유니사이클러(Unicycler) 등의 애플리케이션도 이용해 보세요.
이미 많은 연구원들이 신종 코로나바이러스와 코로나19 확진자들의 유전체를 시퀀싱해 그 무엇보다 가장 중요한 질병 확산과 어떤 사람이 코로나19에 가장 취약한지 연구하고 있습니다. 하지만 게놈 시퀀스를 분석하기 위해서는 장시간이 소요되고 강력한 연산 능력도 필요합니다.
과학기술 발전 가속화는 오랫동안 엔비디아의 핵심 목표 중 하나였습니다. 이를 위해 파라브릭스 팀은 지난 12월부터 엔비디아와 함께 하기로 하고 다양한 최신 도구들을 제공해왔습니다. 덕분에 단일 서버로 인간의 전체 유전체에서 변종 확인을 하는데 소요되는 시간을 수일에서 단 한시간으로 줄일 수 있습니다.
신종 코로나바이러스가 전례 없는 수준으로 확산됐다는 점을 고려해볼 때 변종 확인 결과를 며칠이 아닌 단 몇 시간 안에 확인할 수 있게 되면 신종 코로나바이러스가 어떻게 진화하는지에 대한 연구와 백신 개발에 엄청난 영향을 미칠 수 있습니다.
엔비디아는 이 시급한 상황에서 연구 업계를 지원하기 위해 다방면으로 노력하고 있습니다. 파트너사들도 엔비디아와 함께해 주시기 바랍니다. 엔비디아는 클라우드 서비스 제공업체와 슈퍼컴퓨팅 센터의 연산 자원을 이용하고 이들 플랫폼 상에서 파라브릭스 액세스를 제공할 수 있도록 논의하고 있습니다.
클라우드 기반 엔비디아 GPU와 파라브릭스에 대한 액세스를 제공할 수 있는 파트너사들의 링크를 추후 이 블로그에 포함해 업데이트 하겠습니다.
스탠포드 대학 연구소
지원 링크
